Aus dem Jahr 1170 gibt es einen ersten schriftlichen Hinweis auf eine Pfahlgründung mit Zufluchtsturm im sumpfigen Gelände. Seine Ursprünge dürften in der Zeit der slawischen Besiedlung im 8./9. Jahrhundert liegen. Zur Verteidigung wurde ein Wall mit Wassergraben und Holzpalisaden errichtet, der im Hochmittelalter durch eine Ringmauer ersetzt wurde. Ein "steinener Turm mit Mauer" wurde 1338 urkundlich erwähnt. Die Entwicklung zur Schutzburg ist engstens mit der Entwicklung der Mark Meissen und dem Meißner Adelsgeschlechts derer von Heynitz verbunden. Im 14. Jahrhundert tauchen erste urkundliche Hinweise auf Mitglieder der Familie von Heynitz auf, im Lehnbuch des Markgrafen Friedrich des Strengen 1349/50 ist Heynitz vermerkt. (vgl. Cornelius Gurlitt, Dresden 1923).

Der Umbau zum Schloss erfolgte im frühen 16. Jahrhundert und ist aufs engste mit Nicol von Heynitz verbunden. 1503 berief ihn das Domkapitel in Meißen zum Domherren. Zwei Jahre später holte ihn Herzog Georg von Sachsen als Statthalter nach Dresden, wo er bald darauf zum sächsischen Kanzler ernannt wurde. In den Jahren 1506 bis 1536 erfolgte der Umbau der Burg zum Repräsentationsbau mit Rittersaal und Kapelle. In dieser Zeit erhielt das Schlossgebäude bis auf wenige Veränderungen seine heutige Gestalt. Der Architekt ist unbekannt, doch weisen viele Stilelemente nach Meißen, u.a. die für die Spätgotik typischen Vorhangbogenfenster. Mit zwei Renaissance-Erkern an der Nordseite wurde der Schlossbau 1585 vervollständigt.

In den Rittersaal wurde eine Kapelle integriert. Der nach Osten ausgerichtete Kapellenerker bildet ein halbes Achteck und ruht auf vier schweren Kragsteinen, von denen einer das Jahr der Fertigstellung - 1519 - angibt. Der zierliche Kapellenraum wird von einem sternförmigen Zellengewölbe überspannt. In die nach Osten ausgerichteten Rundbogenfenster sind Kabinettgläser mit Grisaille-Malerei zu christlichen Motiven eingelassen.

Nach der Reformation erfolgte 1561 die Umwidmung zur Gutsanlage. Dazu entstanden verschiedene Wirtschaftsgebäude, die gemeinsam mit dem Schlossgebäude den Gutshof bilden. Der 30jährige Krieg und das Auftreten der Pest führten im 17. Jahrhundert zu einem Niedergang, wovon sich Ort und Gutswirtschaft erst nach Jahrzehnten erholten. In den dreißiger Jahren des 20. Jahrhunderts war das Rittergut für den ökologischen Landbau wegweisend. Im Herbst 1945 wurde die Familie von Heynitz im Rahmen der Bodenreform enteignet und flüchtete in den Westen.


Nach dem Krieg wurde die Gutsanlage zur Zufluchtsstätte Vertriebener. Ein Abriss des Schlossgebäudes konnte verhindert werden. Ab Mitte der 1950er Jahre wurden die oberen Schlosssäle als Unterrichtsräume für die Heynitzer Dorfschule genutzt. Zusätzlich waren der Kindergarten, die Gemeindeverwaltung und die Heimatstube im Schloss untergebracht. Ein Teil der Wirtschaftsgebäude wurde von der LPG "Florian Geyer" genutzt. Nach der Wende 1989/90 verblieben Schloss und Gutsanlage im Besitz der Gemeinde Heynitz. Nach ihrer Eingliederung nach Nossen kam es 2004 zum Verkauf an den Förderverein Schloss Heynitz e. V. und der Familie von Watzdorf.
